Основні пріоритетні напрями наукової діяльності академії
Розробка та впровадження програмно-технічних засобів і технологій професійної підготовки авіаційних фахівців, в тому числі з застосуванням інтелектуальних тренажерних засобів.
Вдосконалення методів керування якістю професійної підготовки авіаційних фахівців, розробка і впровадження автоматизованої інформаційно-аналітичної системи ЛА НАУ.
Розробка та впровадження методів забезпечення функціональної стійкості процесів навігації та управління рухом літального апарату.
Проблеми управління сталим інноваційним розвитком авіаційних транспортних систем.